Prossimi Passi - Trascrizione del Video

Note importanti

Questa pagina mostra solo la trascrizione. Per le istruzioni complete passo dopo passo, tornate al materiale del corso.

Benvenuti

​

Congratulazioni, ce l'avete fatta!

Siete arrivati alla fine e avete completato il corso di formazione Hello Nextflow. Speriamo davvero che vi sia piaciuto. Grazie per essere rimasti con noi fino alla fine, e apprezziamo davvero il tempo e l'impegno che avete dedicato all'apprendimento di Nextflow. Speriamo davvero che vi sarà utile per il vostro lavoro.

Altri corsi su training.nextflow.io

Non dimenticate di tornare su training.nextflow.io. Aggiungiamo sempre nuovi corsi brevi e aggiorniamo anche molto del materiale già presente. Quindi questo corso di formazione Hello Nextflow verrà aggiornato nel tempo.

Questo è particolarmente importante perché stiamo aggiornando la sintassi in Nextflow, e il 2026 vedrà l'arrivo di molte nuove funzionalità, quindi questo corso avrà un aspetto leggermente diverso la prossima volta che lo faremo nel 2027.

In particolare, voglio segnalare la pagina "Nextflow for Science". Questi sono corsi brevi progettati per seguire questo corso Hello Nextflow. E mostrano come usare Nextflow con casi d'uso specifici diversi, che si tratti di genomica o RNAseq, o tutti i tipi di cose diverse. Cerchiamo di aggiungere sempre più casi d'uso scientifici.

Ci sono anche le Side Quest. Quando sviluppiamo un corso come Hello Nextflow, c'è così tanto che potremmo coprire, ed è difficile mantenere tutto nell'ambito. Quindi se c'è un particolare argomento che riteniamo interessante per le persone, che merita maggiore approfondimento, lo mettiamo in una Side Quest.

Andate a dare un'occhiata e se ci sono cose diverse che potrebbero essere rilevanti per il vostro lavoro, come nf-test o fare cose diverse con i metadati e pattern di scripting comuni, consultate le Side Quest e vedete se potrebbe essere utile saperne di più.

C'è anche il corso su nf-core. Speriamo che a questo punto conosciate il progetto, ma se non lo conoscete, andate a dare un'occhiata. Ci sono quasi 150 pipeline diverse per diversi tipi di analisi e diversi tipi di dati, quindi è del tutto possibile che ci sia una pipeline pronta all'uso per il tipo di analisi dei dati di cui avete bisogno.

È importante notare che ci sono anche componenti in nf-core, quasi 1700 moduli diversi, processi diversi e wrapper per strumenti. E con gli strumenti che vengono forniti con nf-core, potete mescolarli e costruire la vostra pipeline come mattoncini Lego. Molto più veloce e più riproducibile.

Seqera Platform

Man mano che aumentate il vostro utilizzo di Nextflow, date un'occhiata a Seqera Platform, è il modo migliore per eseguire Nextflow. Potete eseguire sulla vostra infrastruttura, quindi HPC o AWS, Azure, Google Cloud, Oracle e altro. Potete anche usare il nostro Seqera Compute se non volete gestire alcuna infrastruttura di calcolo.

Seqera Platform semplifica davvero la configurazione di queste complesse infrastrutture cloud con funzionalità come Batch Forge, che crea l'ambiente per voi. E aiuta anche davvero con l'osservabilità e il logging di audit e la conformità.

Oggettivamente fa in modo che le pipeline vengano eseguite in modo più economico e veloce con tecnologie come Fusion, che ottimizzano l'accesso al disco e i trasferimenti di dati. E c'è anche l'ottimizzazione della pipeline per assicurarsi che la configurazione delle vostre pipeline sia ottimizzata il più possibile.

Ci sono caratteristiche totalmente diverse oltre all'esecuzione di pipeline. Abbiamo Studios dove potete eseguire analisi interattive e creare ambienti da qualsiasi immagine docker personalizzata che create. E Data Explorer, che vi aiuta a esplorare i vostri diversi file system ovunque si trovino.

C'è un piano gratuito per Seqera Platform, quindi potete usare praticamente tutte queste funzionalità gratuitamente proprio ora. E vi daremo anche cento dollari di credito di calcolo gratuito con Seqera Compute se vi iscrivete con il vostro indirizzo email aziendale. Infine, c'è un programma accademico, quindi se lavorate in un'università, controllate la pagina dei prezzi, trovate il modulo lì e fatecelo sapere, e vi aggiorneremo a Cloud Pro gratuitamente.

Aiuto dalla community ed eventi

Okay. Andando avanti. Se avete mai bisogno di supporto con Nextflow, consultate community.seqera.io. È davvero attivo e speriamo di vedervi lì per discutere i vostri diversi problemi e casi d'uso, e forse ora potete anche aiutare altre persone.

Abbiamo anche molti eventi in corso. Abbiamo eventi della community provenienti da nf-core e Nextflow. Abbiamo un hackathon nf-core online e distribuito a marzo, l'anno scorso hanno partecipato oltre mille persone con sedi in tutto il mondo. Quindi unitevi a noi per quello se potete.

E abbiamo anche eventi Nextflow Summit, uno a Boston, e poi abbiamo un evento a Barcellona e online. Presentazioni fantastiche dove potete sentire persone che usano Nextflow in modi davvero massicci e selvaggi ed emozionanti. E ci sono anche hackathon associati a questi ed formazione di persona.

Nextflow Podcast e blog

Se volete rimanere aggiornati sulle cose che accadono nell'ecosistema Nextflow, consultate seqera.io/blog.

C'è una sezione per Nextflow dove potete trovare post del blog della community da persone che lavorano nella community, e anche post del blog di Seqera sugli aggiornamenti di Nextflow e gli altri strumenti che generiamo.

Vorrei anche fare pubblicità per il mio progetto preferito, che è il Nextflow Podcast. Controllatelo su Spotify, o Apple Music, o YouTube. Pubblichiamo nuovi episodi periodicamente dove chiacchiero con altre persone, che lavorano con Nextflow o tecnologie associate, o persone nella community. E facciamo approfondimenti tecnici davvero profondi su come funzionano le cose e cosa stanno facendo le persone. Quindi se siete interessati, controllateli. Sono davvero divertenti.

Ringraziamenti

Okay, vorrei fare una serie di ringraziamenti. Il team di formazione di Seqera è responsabile di questo materiale. Sono seduto davanti a una telecamera, ma davvero tutto il duro lavoro è stato fatto da quelle altre persone. Un ringraziamento speciale a Geraldine, che ha scritto e aggiornato questo materiale del corso di formazione per Hello Nextflow e altri. E anche Jon, che ha davvero aiutato, specialmente con l'aggiornamento della sintassi per la nuova sintassi Nextflow e anche scrivendo molti dei corsi lui stesso. Altri nel team di sviluppo scientifico come Rike, Rob, Florian e molti altri hanno avuto un enorme contributo nel materiale con cui abbiamo lavorato.

Vorrei anche ringraziare le persone nella community. Le nuove traduzioni, per esempio, che sono molto recenti, sono state fortemente influenzate da persone nel programma ambassador e altrove. E davvero, la natura open source del materiale di formazione significa che abbiamo pull request e issue che arrivano abbastanza frequentemente, il che ci aiuta davvero.

Sondaggio

Ora che avete finito, se non l'avete già fatto, per favore completate velocemente il sondaggio di feedback. È sul sito web training.nextflow.io proprio sotto la sezione Hello Nextflow.

Sono solo cinque domande. È davvero, davvero veloce, ma questo ci permette di tenere traccia approssimativamente di quante persone stanno facendo la formazione e anche voi potete dirci come migliorare il materiale di formazione. Controlliamo davvero tutte le risposte, quindi apprezziamo davvero il vostro contributo.

Arrivederci

Ancora una volta, molte, molte grazie per esservi uniti a noi in questo corso, e in questo viaggio. Aprite una issue GitHub o una Pull Request se avete notato qualcosa nel materiale di formazione che pensate possa essere migliorato. E spero davvero di vedervi in un altro corso di formazione Nextflow, o forse a un hackathon o un evento. Grazie ancora.​